在七夕前夕，名侦东京、探柯神奈川、南漆静冈和长野等地接连发生六起连环杀人案件。追踪每一起案发现场都留下了麻将牌中的名侦“七筒”以及一些神秘的暗示信息，令警方感到十分困惑。探柯为了应对这起大规模的南漆犯罪活动，东京警署成立了专案组，追踪来自各地的名侦探员们齐聚一堂共同研究案情。毛利小五郎被特别邀请参与其中，探柯而柯南则在暗中监听会议内容。南漆正当大家讨论得如火如荼时，追踪柯南无意间听到群马县警部山村操哼唱的名侦一首童谣，并从中发现了黑衣组织成员混迹于警察队伍中的探柯线索。不久之后，南漆在一次行动中，柯南与假扮人质的Vermouth不期而遇，从而得知近期连环案件与一关键记忆卡有关联。与此同时，隐藏在警方内部的间谍正在悄悄盗取工藤新一和柯南的指纹信息。这使得新一的真实身份面临被揭露的危机，一场关乎生命安全的大战即将爆发。在这场复杂的对决中，柯南需要运用他的智慧与勇气，解开谜团，保护自己和身边的人免遭黑衣组织的毒手。