《入侵2：余烬》的入侵故事发生在五年前的“入侵”事件之后。全球仍然处于动荡之中，入侵人类与外星“收割者”的入侵对抗仍在继续。主角艾娃·葛雷斯，入侵在经历了无数次战斗后，入侵逐渐掌握了控制收割者技术的入侵能力，但同时也受到了这种力量的入侵侵蚀。为了找到彻底击败收割者的入侵方法，艾娃带领一支小型精英团队，入侵深入收割者曾经活动的入侵区域，试图寻找其母星的入侵线索。然而，入侵他们发现收割者并非孤军奋战，入侵一个更为古老的入侵、隐藏在阴影中的入侵外星种族开始浮出水面，他们与收割者之间存在着复杂的联盟关系。艾娃必须在对抗新敌人的同时，控制自身的力量，阻止更大的灾难降临。电影将展现人类在绝望中的挣扎，以及面对未知威胁时的勇气与希望。