在“第二次冲击”之后，福音人类面临了前所未有的战士危机。14岁的新剧序少年碇真嗣被父亲碇元渡召唤至第3新东京市，他原本期待能与父亲相见，场版却没想到迎接他的福音竟是名为“使徒”的巨大生物与军事力量的激烈交战。危急时刻，战士特务机关NERV的新剧序葛成美里及时出现，救下了真嗣，场版并将他带往父亲所领导的福音NERV总部。然而，战士在这里等待真嗣的新剧序却是令其震惊的一幕——父亲冷酷地命令他驾驶EVA初号机与使徒战斗。尽管真嗣曾表示拒绝，场版但看到重伤的福音替补驾驶员绫波丽后，最终还是战士选择了遵从父亲的意愿。面对从未受过作战训练的新剧序事实，真嗣毅然决定肩负起拯救世界的重任。从此，这位年仅14岁的少年开始了他的EVA驾驶生涯。而与此同时，“第二次冲击”背后隐藏着的“人类补完计划”也逐渐浮出水面。碇元渡仿佛早已洞悉一切，他不动声色地观察着这一切的变化，就如同这一切都在剧本之中早已预设好了结局一般。随着故事的发展，更多关于碇真嗣和EVA的秘密将逐一揭开……