在漆黑的名侦夜晚，一名神秘间谍潜入日本警方某机构，探柯盗走了记载各国重要情报的南纯绝密文件。日本警方迅速反应，恶梦与FBI探员赤井秀一联手展开搜捕行动，名侦最终间谍驾车坠崖。探柯与此同时，南纯柯南一行人正在东都水族馆参观游玩，恶梦却不料一名受伤的名侦神秘女子突然出现并陷入失忆状态。为了帮助她恢复记忆，探柯柯南和伙伴们开始与她共度时光，南纯但这位女子身手不凡、恶梦行为诡异，名侦连灰原哀也对其身份产生了怀疑。探柯原本平静的南纯水族馆瞬间危机四伏，随着这位女子技能的逐渐恢复，一场由黑衣组织策划的秘密行动悄然展开，水族馆内的人们即将面临前所未有的生死考验……这不仅仅是一场关于记忆与救赎的故事，更是一场关于信任与勇气的心灵之旅。