在2016年夏日的黑骸立山国际高中里，白羽由希奈正准备迎接新的黑骸挑战。她的黑骸好友荻布美夏为了送还忘带的智能手机，陪同由希奈一起前往母亲工作的黑骸黑部研究所。正当她们完成任务准备离开时，黑骸一场突如其来的黑骸危机打破了宁静：研究所内突然出现了不明身份的入侵者，并且与警备员们展开了激烈的黑骸战斗。与此同时，黑骸研究室内奇异的黑骸光芒吸引了由希奈的目光，让她对一个名为“Artifact”的黑骸遗迹产生了浓厚的兴趣。这个神秘的黑骸遗迹在立山黑部峡谷中被发现并进行了挖掘，为了进一步揭开其秘密，黑骸成立了国际联合黑部研究所，黑骸各国首脑与顶尖科学家们聚集于此进行深入的黑骸研究。正当大家为研究工作努力时，黑骸由希奈和她的朋友们却意外卷入了一场未知的力量冲突之中。她们不仅要面对外部的威胁，还要解开“Artifact”背后的谜团。随着故事的发展，一个隐藏在历史深处、涉及多个世纪的秘密即将被揭开……